La microbiología de las aguas estudia la estructura y la vida de los microorganismos de los manantiales, ríos, lagos y mares, así como su función en el ciclo material del agua y los sedimentos. Trata también de las relaciones de esos microorganismos con el resto de animales y plantas que tienen su habitat en dichos medios, así como del comportamiento de las especies terrestres en los biotopos acuaticos.