La Coordinación de Ecosistemas y Biodiversidad ha venido trabajando en los siguientes proyectos: Conservación de la flora en el Jardin Botanico Eloy Valenzuela, protección y conservación de ecosistemas de páramos y bosque de niebla, Estudios de caracterización de flora y fauna en jurisdicción de la CDMB, Gestión para el manejo integral de residuos solidos domesticos en los municipios menores y conservación y restauración de humedales y protección de áreas inundables y cienagas.