Dentro de los diversos programas que desarrolla la Entidad, para el manejo de recursos naturales, se ha previsto el desarrollo de programas para la conservación y recuperación de zonas de regulación de aguas y microcuencas que abastecen los acueductos urbanos y rurales en los Municipios del Area de Jurisdicción de la CDMB. Para el cumplimiento de estos objetivos, se ha previsto actividades como : la protección y recuperación de márgenes y cabeceras de ríos y quebradas, revegetalización de áreas degradadas, obras de recuperación de suelos erosionados, establecimiento y manejo de plantaciones protectoras-productoras, dendroenergéticas, difusión de cercas vivas la implantación de modelos agroforestales y recientemente la adquisición de predios localizados en los nacimientos de las fuentes de agua que surten los acueductos municipales y rurales.